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福建省农业科学院畜牧兽医研究所成立于1960年，是福建省公益型研究机构之一，主要从事动物营养、动物遗传育种、牧草和畜禽疫病防治的研究、推广以及科技服务工作。现有在职职工117人，其中研究员12名、副研究员26人、博士12人、硕士40人;拥有一支科研实力强且学科较齐全的专业研究队伍，其中享受***专家9人、进入国家“***万人才工程”人选1人、进入福建省“***万人才”4人、国家现代农业产业技术体系岗位科学家1人、试验站站长1人、省级农业产业技术体系首席科学家1人、省级农业产业技术体系岗位科学家1人。
科室设置：
3个管理科室-办公室、信息化研究室和开发科;
8个研究科室-动物营养研究室、畜禽遗传育种研究室、草食动物研究室、微生物发酵床养猪研究室、草食动物病研究室、动物病毒研究室、禽病研究室和畜病研究室;
5个科技创新平台-福建省动物生物安全三级实验室、福建省畜禽疫病防控技术重大研发平台、福建省畜禽疫病防治工程技术研究中心、福建省畜禽疫病防治动物试验平台和福建白羽半番鸭产业国家科技特派员创业链;
5个科研基地或工程化实验室-畜禽疫苗生产性工程化实验室、微生物发酵床母猪大栏养殖系统、智能化蛋鸡生产系统、蛋鸭设施笼养基地和智能化山羊圈养场;
2个服务平台-畜禽水产疾病诊疗中心即“动物医学总院”和《福建畜牧兽医》杂志编辑部;
2个领办的科技型实体-福建华龙饲料技术开发集团公司和福建优康种猪科技开发有限公司。
1982-2014年共获得国家、省部级科技奖励成果61项，其中省部级二等奖以上科技奖励成果19项。“雏番鸭细小病毒病病原发现、诊断和防治”荣获2002年国家科技进步二等奖，“福建省牛流行性腹泻的病原诊断研究”和“雏番鸭细小病毒病活疫苗和快速诊断试剂研究”荣获1983年和2001年福建省科技成果一等奖。“雏番鸭细小病毒病活疫苗”和“雏番鸭细小病毒病乳胶凝集试验和凝集抑制试剂”获2000年国家一类兽药证书和2003年国家新产品证书，“番鸭呼肠孤病毒病活疫苗”获2013年国家一类新兽药书，“鸭传染性浆膜炎二价灭活疫苗(1型RAf63株+2型RAf34株)”获2012年国家三类新兽药证书。水禽疫苗研制能力居全国领先水平。
“福建省动物生物安全三级实验室”于2011年12月获得国家农业部正式批复同意从事高致病性禽流感实验活动，成为省级农科院首个、国内第四个获准从事高致病性禽流感研究的实验室，将为我国禽流感等重大畜禽疫病的创新研究、有效防控和保障禽业安全，提供科技支撑。
